Le operazioni agroalimentari richiedono acqua in abbondanza e di alta qualità.
A seconda degli usi, che sia acqua ingrediente, vapore alimentare o acqua per pulizia e risciacqui, l’acqua può necessitare di pre-trattamenti per migliorarne la qualità, così da non influire sul processo di produzione.

Allo stesso modo, al termine dei processi di produzione, le acque reflue necessitano di trattamento per il riuso o lo scarico in fognatura. Sebbene trattasi normalmente di acque biodegradabili e non tossiche, presentano un'elevata concentrazione di BOD ( domanda biochimica in ossigeno ) e solidi sospesi (MES).

I processi di cottura, di lavaggio frutta e verdura e di macellazione o lavorazione degli animali comportano reflui contenenti sostanze quali sale, aromi, coloranti, antibiotici, pesticidi, reflui corporei, oli, grassi, acidi o alcali che possono influire sui valori limite concessi per le acque di scarico dalle normative.